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菊粉实际上是多种不同聚合度果聚糖的混合物。其中聚合度较低（DP=2-9）的果聚糖通常称为低聚果糖，聚合度10-30的果聚糖通常称为多聚果糖，聚合度40的果聚糖通常称为高聚果糖。
菊粉分子约由31个β-D-呋喃果糖和1~2个吡喃菊糖残基聚合而成，果糖残基之间能通过β-2,1-键连接。是由D-果糖经β（1→2）糖苷键链接而成的线性直链多糖，末端常带有一个葡萄糖残基，聚合度（DP）为2~60，其中平均聚合度DP≤9的菊粉又称为短链菊粉，从天然植物中提取的菊粉同时含有长链与短链 [1] 。菊粉的分子式表示为GFn，其中G代表终端葡萄糖单位，F代表果糖分子，n代表果糖的单位数。
菊粉是除淀粉外植物的另一种能量储存形式，是十分理想的功能性食品配料、同时也是生产低聚果糖、多聚果糖、高果糖浆、结晶果糖等产品的良好原料。
