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这就使得菊粉兼有各种果聚糖的保健功效，所以我们称菊粉为复合型多糖或复合型益生元。
水溶性膳食纤维全部被有益菌发酵降解，使有益菌增殖效果非常明显，营养界称：菊粉是有益菌增殖的
菊粉分子约由31个β-D-呋喃果糖和1~2个吡喃菊糖残基聚合而成，果糖残基之间能通过β-2,1-键连接。是由D-果糖经β（1→2）糖苷键链接而成的线性直链多糖，末端常带有一个葡萄糖残基，聚合度（DP）为2~60，其中平均聚合度DP≤9的菊粉又称为短链菊粉，从天然植物中提取的菊粉同时含有长链与短链 [1] 。菊粉的分子式表示为GFn，其中G代表终端葡萄糖单位，F代表果糖分子，n代表果糖的单位数。
短链菊粉含有较多的单糖和双糖，甜度大约相当于蔗糖的30%~50%，普通菊粉略带甜味，约为蔗糖甜度的10%，长链菊粉几乎没有甜味。
