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裂饼、碎饼率降低，饼形端正饱满不缩身，花纹清晰，饼面光滑；并且可以相应减少10％-25％的焦亚硫酸钠，从而减少SO2等有害物质的残留量，还可以矫正化学添加剂对饼干风味的影响，有效提高饼干产品的质量。
羊毛的防缩：用木瓜蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软，舒适、抗收缩、抗张强度等效果收缩性为0；还可用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
利用木瓜蛋白酶制成皮的脱毛剂，鞣制皮革，经本品鞣制的皮革，毛孔细致光亮。分解饲料中蛋白质成氨基酸，增加营养物质的渗出量，利于家禽对蛋的吸收和利用，同时补充动物内源酶不足，提高饲料利用率及降低饲料***，增强食欲，进而促进动物生长，提高日增重及成活力，还可以作为蔬菜水果复合肥料的添加剂。
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